ムービー関係
・MediaStage Ver.4.2 for Nintendo
種種のムービーをプレイやんで使うのに最適なサイズに変更してくれる機能がついていて便利。ムービーをサムネイルで管理、SDカードへの転送もやってくれます。DSとセットで買うことができます。動作環境に注意。
・かんたん換太郎 for Nintendo
持ってないので知りませんが一応。プレイやん用の動画圧縮ソフトウェアです。

MP3関係
・SuperTagEditor
MP3のID3タグ(アーティスト名だとかトラック名だとか)を変更するのに便利です。複数のファイルのタグをまとめて変更できて使いやすいので重宝しています。
　

共通
・Lhasa32
ZIPだのLzhといった圧縮ファイルを解凍するのに必要なソフトウェアの1つです。ガレージゲームもDLした時点では圧縮されているので解凍する必要があります。
・Namely
複数のファイルの名前を一気に変更できます。CDからMP3に変換したときにアルバム名を指定したファイルに簡単に付け加えられたりと、ある程度規則性を持った名前を複数のファイルにつけるときに重宝します。